Authors: Križanac AM, Reimer C, Heise J, Liu Z, Pryce JE, Bennewitz J, Thaller G, Falker-Gieske C, Tetens J
(Contact: ana-marija.krizanac@uni-goettingen.de ) Affiliation: Department of Animal Sciences, University of Goettingen, Burckhardtweg 2, 37077, Göttingen, Germany Title: Sequence-based GWAS in 180,000 German Holstein cattle reveals new candidate variants for milk production traits Journal: Genetics, Selection, Evolution : GSE, 57(1): 3 (2025)
DOI :
10.1186/s12711-025-00951-9 Links:
PubMed | Abstract
| Copy data link
( Related study: none )
Click on each trait to browse further along the related trait ontology tree
Click on each chromosome number to find the detailed QTL information on that chromosome
Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Milk fat yield
Chr.2 : Asso:316136 , Asso:316044 , Asso:316284 . Chr.5 : Asso:316206 , Asso:316204 , Asso:316200 , Asso:316193 , Asso:316192 , Asso:316183 , Asso:316178 , Asso:316176 , Asso:316173 , Asso:316169 , Asso:316154 , Asso:316130 , Asso:316112 , Asso:316066 , Asso:316205 , Asso:316170 , Asso:316166 , Asso:316282 , Asso:316292 , Asso:316293 , Asso:316296 , Asso:316299 , Asso:316300 , Asso:316311 , Asso:316312 , Asso:316314 , Asso:316319 , Asso:316320 , Asso:316325 , Asso:316326 , Asso:316330 , Asso:316331 , Asso:316332 , Asso:316351 , Asso:316367 , Asso:316375 , Asso:316376 . Chr.6 : Asso:316259 , Asso:316224 , Asso:316110 , Asso:316107 , Asso:316085 , Asso:316075 , Asso:316056 , Asso:316050 , Asso:316089 , Asso:316079 , Asso:316286 , Asso:316287 , Asso:316370 . Chr.14 : Asso:316264 , Asso:316231 , Asso:316226 , Asso:316139 , Asso:316135 , Asso:316128 , Asso:316125 , Asso:316114 , Asso:316105 , Asso:316102 , Asso:316098 , Asso:316095 , Asso:316090 , Asso:316086 , Asso:316073 , Asso:316071 , Asso:316054 , Asso:316047 , Asso:316046 , Asso:316220 , Asso:316045 , Asso:316333 , Asso:316334 , Asso:316361 . Chr.15 : Asso:316278 , Asso:316279 , Asso:316277 , Asso:316268 , Asso:316266 , Asso:316267 , Asso:316258 , Asso:316092 , Asso:316072 , Asso:316042 , Asso:316280 , Asso:316281 , Asso:316318 , Asso:316344 . Chr.27 : Asso:316271 , Asso:316270 , Asso:316260 , Asso:316247 , Asso:316150 , Asso:316143 , Asso:316057 , Asso:316269 , Asso:316364 , Asso:316365 , Asso:316366 . Chr.28 : Asso:316273 , Asso:316272 .
QTL for Milk yield
Chr.3 : Asso:316250 , Asso:316232 , Asso:316223 , Asso:316208 , Asso:316198 , Asso:316194 , Asso:316180 , Asso:316144 , Asso:316062 , Asso:316177 , Asso:316298 , Asso:316338 . Chr.5 : Asso:316257 , Asso:316251 , Asso:316221 , Asso:316212 , Asso:316197 , Asso:316195 , Asso:316196 , Asso:316190 , Asso:316184 , Asso:316182 , Asso:316174 , Asso:316165 , Asso:316160 , Asso:316157 , Asso:316155 , Asso:316118 , Asso:316115 , Asso:316108 , Asso:316076 , Asso:316064 , Asso:316060 , Asso:316052 , Asso:316048 , Asso:316040 , Asso:316241 , Asso:316159 , Asso:316295 , Asso:316301 , Asso:316321 , Asso:316337 , Asso:316339 , Asso:316350 , Asso:316352 , Asso:316353 , Asso:316368 , Asso:316386 . Chr.6 : Asso:316233 , Asso:316230 , Asso:316209 , Asso:316122 , Asso:316120 , Asso:316113 , Asso:316101 , Asso:316078 , Asso:316055 , Asso:316152 , Asso:316109 , Asso:316069 , Asso:316308 , Asso:316335 , Asso:316342 , Asso:316381 , Asso:316385 . Chr.10 : Asso:316302 , Asso:316315 . Chr.11 : Asso:316249 , Asso:316245 , Asso:316244 , Asso:316238 , Asso:316239 , Asso:316229 , Asso:316219 , Asso:316058 , Asso:316038 , Asso:316310 . Chr.14 : Asso:316253 , Asso:316236 , Asso:316222 , Asso:316215 , Asso:316216 , Asso:316214 , Asso:316211 , Asso:316189 , Asso:316186 , Asso:316149 , Asso:316134 , Asso:316132 , Asso:316131 , Asso:316127 , Asso:316126 , Asso:316111 , Asso:316106 , Asso:316104 , Asso:316103 , Asso:316087 , Asso:316262 , Asso:316234 , Asso:316138 , Asso:316285 , Asso:316289 , Asso:316290 , Asso:316294 , Asso:316297 , Asso:316309 , Asso:316313 , Asso:316316 , Asso:316317 , Asso:316327 , Asso:316328 , Asso:316329 , Asso:316343 , Asso:316356 , Asso:316357 , Asso:316359 , Asso:316362 , Asso:316363 , Asso:316371 , Asso:316373 , Asso:316378 , Asso:316379 , Asso:316380 . Chr.15 : Asso:316235 , Asso:316382 , Asso:316383 , Asso:316384 . Chr.16 : Asso:316263 , Asso:316242 , Asso:316228 , Asso:316217 , Asso:316304 , Asso:316306 . Chr.19 : Asso:316254 , Asso:316201 , Asso:316171 , Asso:316163 , Asso:316151 , Asso:316146 , Asso:316137 , Asso:316121 , Asso:316067 , Asso:316248 , Asso:316227 , Asso:316307 , Asso:316322 , Asso:316324 , Asso:316336 , Asso:316341 , Asso:316354 , Asso:316355 . Chr.20 : Asso:316261 , Asso:316246 , Asso:316225 , Asso:316124 , Asso:316283 , Asso:316303 , Asso:316345 , Asso:316377 . Chr.28 : Asso:316265 , Asso:316199 , Asso:316181 , Asso:316167 , Asso:316081 , Asso:316145 , Asso:316358 . Chr.29 : Asso:316275 , Asso:316274 , Asso:316243 , Asso:316237 , Asso:316218 , Asso:316213 , Asso:316162 , Asso:316276 , Asso:316346 , Asso:316347 , Asso:316348 .
QTL for Milk protein yield
Chr.5 : Asso:316252 , Asso:316185 , Asso:316179 , Asso:316158 , Asso:316156 , Asso:316148 , Asso:316119 , Asso:316116 , Asso:316077 , Asso:316065 , Asso:316061 , Asso:316053 , Asso:316051 , Asso:316049 , Asso:316291 , Asso:316340 , Asso:316349 , Asso:316369 . Chr.6 : Asso:316256 , Asso:316210 , Asso:316153 , Asso:316141 , Asso:316117 , Asso:316097 , Asso:316096 , Asso:316094 , Asso:316091 , Asso:316084 , Asso:316082 , Asso:316080 , Asso:316074 , Asso:316070 , Asso:316068 , Asso:316063 , Asso:316039 , Asso:316168 , Asso:316059 , Asso:316288 , Asso:316372 . Chr.11 : Asso:316140 , Asso:316133 , Asso:316129 , Asso:316041 . Chr.14 : Asso:316187 , Asso:316161 , Asso:316043 , Asso:316360 . Chr.19 : Asso:316172 , Asso:316164 , Asso:316147 , Asso:316123 , Asso:316093 , Asso:316255 , Asso:316207 , Asso:316305 , Asso:316323 , Asso:316374 . Chr.27 : Asso:316240 , Asso:316202 , Asso:316203 , Asso:316191 , Asso:316188 , Asso:316175 , Asso:316142 , Asso:316099 , Asso:316088 , Asso:316083 . Chr.29 : Asso:316100 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.2 (3) ,
Chr.3 (12) ,
Chr.5 (91) ,
Chr.6 (51) ,
Chr.10 (2) ,
Chr.11 (14) ,
Chr.14 (74) ,
Chr.15 (18) ,
Chr.16 (6) ,
Chr.19 (28) ,
Chr.20 (8) ,
Chr.27 (21) ,
Chr.28 (9) ,
Chr.29 (12) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Križanac AM, Reimer C, Heise J, Liu Z, Pryce JE, Bennewitz J, Thaller G, Falker-Gieske C, Tetens J (2025). Sequence-based GWAS in 180,000 German Holstein cattle reveals new candidate variants for milk production traits. Genetics, selection, evolution : GSE, 57(1): 3;
Curated into QTLdb on 2025-05-01. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=BjSq6H8IeT
OR
Križanac AM, Reimer C, Heise J, Liu Z, Pryce JE, Bennewitz J, Thaller G, Falker-Gieske C, Tetens J (2025). Sequence-based GWAS in 180,000 German Holstein cattle reveals new candidate variants for milk production traits. Genetics, selection, evolution : GSE, 57(1): 3; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/s12711-025-00951-9
